Tio år efter Dangerous släppte Michael sitt tionde och sista album, Invincible. Trots all uppståndelse kring utgivningen av det nya materialet kom lanseringen bort i kontroverserna som ledde till att han sa upp kontraktet med Sony. Enligt Michael hade Sony, som en följd av att han lämnat bolaget, inte marknadsfört albumet så mycket som de hade kunna göra. Vissa större PR-jippon arrangerades dock, bland dem ett jubileum för att fira Michaels trettio år som soloartist. Festen hölls i den berömda Madison Square Garden, och en mängd nyare stjärnor gjorde Jackson sällskap på scenen för att fira, bland andra Whitney Houston, Slash, Usher, 'N Sync och Britney Spears.

En kort tid efteråt sjöng Michael på en annan konsert, fast under väldigt annorlunda, oändligt mycket sorgligare omständigheter. Efter de tragiska händelserna den 11 september 2001 hjälpte Michael till att arrangera en välgörenhetsgala till minne av dem som dog vid attackerna. Han framträdde där med en av sina egna låtar, "What more can I give", bland 35 andra stora artister som också gav sitt stöd och visade sitt engagemang på singeln som släpptes efter galan.

Även om Invincible sålde i färre exemplar än Michaels tidigare album - men ändå hela tio miljoner - for den högst upp på USA-listorna så fort den kommit ut, och blev dessutom listetta i ett dussintals andra länder. Den fick ett svalt mottagande av kritikerna, av vilka många kommenterade dess längd (omkring 80 minuter, med 16 låtar), men eftersom ribban hade lagts så högt i och med hans tidigare album var det kanske oundvikligt att vissa fans och kritiker inte skulle nöja sig med mindre än en ny Thriller.

Efter Invincible drog sig Michael mer och mer tillbaka från offentligheterna och höll sig mest hemma på Neverland Ranch. Även om han 2002 kunde glädja sig åt sitt tredje barn födelse, Prince Michael Jackson II, ville han inte avslöja vem barnets mor var och försökte hålla babyn dold för mediernas blickar, precis som han har gjort med de två andra barnen.
Trots att han levde tillbakadraget släppte han 2003 in en dokumentärfilm från tv på Neverland Ranch, med reporten Martin Bashir, och de fick då en bättre inblick i hans liv än någon hade fått förut. Bara ett decennium tidigare hade han varit utsatt för starka brottsmisstankar, och den här dokumentären rörde åter upp anklagelserna mot stjärnan och väckte nya frågor och det liv han levde. Antydningarna dementerades av Jackson, som fick offentligt stöd av flera goda vänner, bland dem skådespelerskan Elizabeth Taylor.

Hjulen hade emellertid satts i rullning, och två år efter det att dokumentären sändes hamnade Michael Jackson i domstolen i Santa Maria, Kalifornien. "Lögnen är en sprinter, men sanningen en maratonlöpare. Sanningen kommer att vinna maratonloppet i den här rättegången", sa Michael. En intensiv period av rättegångar slutade efter fem månades med att Jackson blev helt och hållet friad på samtliga åtalspunkter. Men sångaren hade lidit svårt av den pressade situationen. Michael drabbades av stressrelaterade hälsoproblem och sökte än en gång lindring i smärtstillande läkemedel.
Efter frikännandet flydde Michael undan mediernas blickar och slog sig ner i Bahrain. 2006 började det komma in rapporter om ekonomiska problem. Det framkom att huvudbyggnaden på Neverland Ranch hade stängts och att Michael var försenad med avbetalningarna på ett multimiljondollarlån.